Spolupráce histopatologa s dermatologem je úzká při stanovování tří základních skupin EB.
Začíná stanovením pracovní diagnózy zkušeným dětským dermatologem. Podle toho se i volí místo odběru vzorku kůže k histologickému zpracování. Dnes je preferován odběr z arteficiálně vytvořeného puchýře a jeho okolí a současně ze “ zdravé” kůže u pacienta. Takto získaný materiál se musí ihned transportovat na specializované histopatologické pracoviště. Histologická diagnóza je podmíněna správným odběrem vzorku kůže, šetrným zpracovávání materiálu a zkušenostmi histopatologa . V ideálním případě by všechny 3 druhy odebraného materiálu měly být vyšetřeny elektronovým mikroskopem a imunohistochemickými metodami – pomoci protilátek proti jednotlivým komponentám dermopeidermální junkce, které vedou společně s klinickými údaji k stanovení typu EB a vyloučení jiných puchýřnatých onemocnění u dětí. O takto stanovenou diagnózu se pak opírá molekulárně genetické vyšetření, které hledá příslušné mutace spojené s určitým typem EB . Histopatologické vyšetření vzorku kůže vyžaduje dlouholetou praxi hodnotitele a úzkou spolupráci s klinikem a molekulárním genetikem zejména u rozporných případů.